形态学实验室组建于1998年7月，由病理学、组织学与胚胎学、细胞生物学、医学微生物学、医学免疫学、医学遗传学、人体寄生虫学和实验诊断学八门学科组成，主要承担本科、留学生、研究生的实验教学任务。实验室是基础医学山东省实验教学示范中心和临床医学国家级虚拟仿真实验教学中心的重要组成。实验室所在形态机能党支部是全国高校党建工作样板支部。

实验室现有专职实验技术人员14人，其中高级实验师4人，硕士以上10人，博士（博士后）1人。

实验室现有教学用房3165平方米；仪器设备3800余台（套 ），总值1300余万元，包括徕卡组织切片机、8个数码显微互动实验室，以及教学资源丰富的医学形态学数字化教学平台。通过实体为主，虚拟辅助，线上线下相结合的模式，建立起线上+线下、虚实一体的形态学实验教学体系。

实验室面向临床医学、麻醉学、医学影像学、口腔医学、预防医学、护理学等24个本科专业，承担病理学、组织学与胚胎学、细胞生物学、医学微生物学、医学免疫学、医学遗传学、人体寄生虫学、实验诊断学本科和留学生实验教学任务；同时承担研究生的组织化学与细胞化学技术、医学免疫学基础等实验课教学。每学年开出实验项目179个，年人时数近30万。为全校本科生、研究生开放实验室，培养学生的基本技能和科研能力。2022年开始，牵头举办医学形态学读片和人体解剖标本辨识技能大赛，在2023年首届和2024年第二届全国总决赛中获个人一等奖15项、二等奖17项、三等奖17项以及团体奖4项。

实验室承担和参与国家级、省级等课题40余项；发表论文60余篇，SCI收录论文20余篇；参编《人体显微结构学实验》等教材；获得省级教学成果奖等省、市、校奖励和表彰10余项；获国家专利10余项；指导大学生创新创业项目近10项。